Początkowo wydaje się, że głównym celem i priorytetem organizacji jest zdobycie i podporządkowanie sobie mocy wszechpotężnych demonów. W tym też celu, członkowie organizacji podzieleni zostali na dwuosobowe drużyny, których zadaniem jest odnalezienie Jinchuuriki - osoby, w których ciele zapieczętowany jest sam Bijuu (demon). Dzięki FuuinJutsu: Genryuu Kyuu Fuujin (KinJutsu) możliwe jest przetransportowanie duszy demona do innego ciała, wykorzystując tym samym pełny potencjał jego siły, lecz powodując śmierć Jinchuuriki, w którym się znajdował. Dopiero z czasem lider wtajemnicza nas w pełny zakres celu Akatsuki. Ambicje tej organizacji, są ściśle związane z nietypową i skrajną jej ideologią. Plan jest na tyle skomplikowany, że sposób jego realizacji podzielony został na trzy etapy: Pierwszym z nich jest zebranie odpowiednich funduszy Drugi polega na wykorzystaniu pieniędzy jako kapitał, do utworzenia pierwszej w świecie Shinobi "Najemnej Organizacji Wojennej". Polegać ma ona na dostarczaniu klientom, bez jakichkolwiek zobowiązań odpowiedniej ilości Ninja. Oferta organizacji spełnić ma potrzeby małych krajów i wsi toczących wojny. Wpierw przyjmie ona wszystkie wojny dla ściągnięcia pieniędzy, w ten sposób zdominuje rynek wojenny. W celu wywołania większej ilości konfliktów użyje Bijuu. W ten też sposób kompletnie i całkowicie podporządkują sobie wojenny monopol, doprowadzając do bankructwa system wiosek Shinobi. Poprzednie etapy, mają być jedynie sposobem osiągnięcia ich celu - dominacji nad światem!